中国医学科学院/北京协和医学院科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。

院校拥有5个国家级重点实验室、10个部委级重点实验室、17个国家级研究基地和中心、6个博士后科研流动站以及10个世界卫生组织合作中心。“十五”期间，承担各类科研项目共计4639项，其中承担国家级科研项目2869项，占项目总数的61.8%；累计获科研项目资助额达7.8亿。“十一五”初期（2006年）新中标课题经费达4.2亿；累计获各类科技奖励成果209项，其中国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖20项、国家自然科学二等奖3项；累计获准专利168项，获新药证书81项（其中一类新药证书9项）；发表SCI论文1888篇，位居全国医学院校之首。

院校下属研究所院校拥有一大批在医学卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院院士11人和中国工程院院士15人（其中1人兼两院院士），国家级和部委级有突出贡献的中青年专家77人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授9人，院校特聘教授11人，博士生导师320人，硕士生导师538人。

院校图书馆藏书丰富、历史悠久，目前藏书量超过86万册，为教学、科研和医疗工作提供了宝贵的资料。2000年被指定为国家科技图书文献中心医学分中心。院校的科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。

21世纪是中华民族实现全面复兴的伟大时代，面对新世纪的挑战和机遇，院校确立了将院校建成国际化的研究型医学机构，将院校建成国家级医学科学知识创新工程体系的战略发展目标。协和人坚信，在通过几代协和人同心同德、开拓创新、与时俱进的共同努力，有能力实现自己的宏伟目标，有能力为祖国的医学科学事业和高等医学教育事业做出更大贡献！